Συνολική ποινή φυλάκισης 9 έτη και 6 μήνες, επιβλήθηκε στον πατέρα Αντώνιο, εκ των οποίων εκτιτέα είναι τα 8 χρόνια.
Η ποινή του μετατράπηκε σε χρηματική προς 10 ευρώ ημερησίως, άρα συνολικά πρέπει να καταβάλλει στο ελληνικό δημόσιο λίγα περισσότερα από 60.000 ευρώ για να μείνει εκτός φυλακής. Η τελεσίδικη ποινή σε βάρος του ιδρυτή της Κιβωτού είναι σχεδόν διπλάσια από την πρωτόδικη των 51 μηνών, καθώς μετά την έφεση που άσκησε ο Εισαγγελέας, ο πατέρας Αντώνιος σε δεύτερο βαθμό, δικάστηκε από μηδενική βάση και καταδικάστηκε για περισσότερες πράξεις.
Οι υπόλοιποι τέσσερις καταδικασθέντες έλαβαν ποινές φυλάκισης από 1 χρόνο και 8 μήνες έως 4 χρόνια και 7,5 μήνες, κατά περίπτωση. Σε δύο εξ αυτών οι ποινές μετατράπηκαν σε χρηματικές, προς 10 ευρώ ημερησίως και για τους άλλους δύο δόθηκε αναστολή στην έκτιση της ποινής.
Ένοχος και σε δεύτερο βαθμό κρίθηκε από το Τριμελές Εφετείο Πλημμελημάτων ο πατήρ Αντώνιος και μάλιστα η καταδίκη του είναι αυστηρότερη, καθώς καταδικάζεται για 9 από τις 19 πράξεις για τις οποίες κατηγορήθηκε, έναντι των πέντε που είχε καταδικαστεί σε πρώτο βαθμό.
Ο Αντώνιος Παπανικολάου κρίθηκε ένοχος κατά περίπτωση για έξι πράξεις βαριάς σωματικής βλάβης ανηλίκων που βρίσκονταν υπό την προστασία του, ηθική αυτουργία σε επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκου, ηθική αυτουργία σε απλή σωματική βλάβη και ηθική αυτουργία σε απειλή.
Το δικαστήριο έκρινε ένοχους τέσσερις συνεργάτες του πατρός Αντωνίου, ενώ αντίθετα, απάλλαξε πλήρως δύο κατηγορούμενους.
Ανάμεσα στα πρόσωπα που καταδικάστηκαν είναι πρώην μέλος του ΔΣ της Κιβωτού του Κόσμου, ο πρώην υπεύθυνος παιδαγωγών Βόλου, η πρώην διευθύντρια της δομής στο Βόλο, οι οποίοι καταδικάστηκαν κατά για πράξεις βαριάς σωματικής βλάβης, επικίνδυνης σωματικής βλάβης, απλή σωματικής βλάβης, απειλής και έκθεσης.
