Έντονη είναι η παρουσία της Ομόνοιας στις εθνικές ομάδες της Κύπρου, με τέσσερις τερματοφύλακες της να καλούνται να υπερασπιστούν το εθνόσημο σε διαφορετικά ηλικιακά επίπεδα. Η εξέλιξη αυτή επιβεβαιώνει τη μεθοδική δουλεία που γίνεται στις υποδομές του συλλόγου και την έμφαση που δίνεται στην ανάδειξη νέων ταλέντων.