Παρόλο που κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού οι φήμες τον ήθελαν ακόμα και να αποχωρεί από την ΑΕΚ, έχοντας όμως άλλο ένα χρόνο συμβόλαιο στο χέρι, ο Ζουάν Τομάς συνεχίζει να αποτελεί ποδοσφαιριστή των περσινών κυπελλούχων. Κατά το ευρωπαϊκό οδοιπορικό των κιτρινοπράσινων και τις τρεις διπλές μονομαχίες με Ντάνταλκ, Στουρμ Γκρατς και Τρέντσιν, ο Ισπανός επιτελικός μέσος πήρε φανέλα βασικού στον πρώτο αγώνα της σεζόν, ενώ στον «τελικό» απέναντι στους Σλοβάκους, έμεινε εκτός αποστολής.
Η ευκαιρία άργησε αλλά εν τέλει παρουσιάστηκε για έναν εκ των παλαιότερων ποδοσφαιριστών στο ρόστερ της ΑΕΚ, καθώς ο Άντονι Ιραόλα αιφνιδίασε δίνοντάς του φανέλα βασικού στην εκτός έδρας αναμέτρηση με τη Μπάγερ Λεβερκούζεν. Το πρόσημο ήταν θετικό και έτσι ο βραχύσωμος μέσος ξεκίνησε και την αναμέτρηση απέναντι στον Ερμή Αραδίππου, προσθέτοντας 87 αγωνιστικά λεπτά στα πόδια του.
Σημείο αναφοράς μπορεί να χαρακτηριστεί το γεγονός ότι ο Βάσκος τεχνικός δεν τοποθέτησε τον Ζουάν Τομάς στον συνηθισμένο ρόλο του οργανωτικού μέσου, αλλά στον αντίστοιχο του αριστερού ακραίου επιθετικού. Στον αγώνα απέναντι στους «φτεροπόδαρους» ο Ισπανός είχε κάποιες πλαγιοκοπήσεις ωστόσο δεν μπορεί να πει κανείς ότι έκανε τη διαφορά και ενώ στον πάγκο έμειναν οι Τέτε και Ζιάν Λουκ Ασούμπρε.
Τη δεδομένη στιγμή ο 33χρονος μέσος παίρνει ευκαιρία από τον προπονητή του και είναι στα πόδια του να την αξιοποιήσει έστω και σε ρόλο ακραίου επιθετικού.